区别为：不是一个公司，算是改革后专属领域不同的兄弟单位。
原来航天系统是由国防科工委归口管理的，在1998年以前，国防科工委是国务院和中央军委双重领导的机构，既带有军队性质，又是政府部分，1998-1999的改革后，国防科工委的军队职能划给了解放军总装备部，成为了一个纯政府部门。这样，航天系统可以大致分为两个方面，军队系统和非军队系统。军队部分的航天系统主要包括酒泉、西昌、太原三大卫星发射中心和各航天测控中心（北京、西安、远望等等），以及一些航天事业和航天工程的领导机构，比如载人航天工程指挥部等。各单位的职能从名称上就一目了然，比如西昌卫星发射中心就是负责卫星发射的，如此等等。非军队系统包括政府部分的国家航天局，国家航天局国防科工委下属的一个部分，管理民用航天事业、对外代表国家。真正的航天科研体系已经改组为了企业体制，就是我们经常听说的航天科技集团和航天科工集团，这两个集团下属的各研究院/所/事业部，是中国航天的主要科研力量。也就是说，航天大部分型号产品都是他们研制的。航天科技集团实行母子公司体制，下设7个大型研制实体：1）中国运载火箭技术研究院 航天科技集团第一研究院 运载火箭与战略导弹 2）航天动力技术研究院 航天科技集团第四研究院 固体火箭发动机技术 3）中国空间技术研究院 航天科技集团第五研究院 卫星与飞船 4）航天推进技术研究院 航天科技集团第六研究院 液体火箭发动机技术5）上海航天技术研究院 航天科技集团第八研究院 运载火箭、导弹、卫星、飞船 6）中国航天时代电子公司原航天科技集团九院、十院合并重组而成 电子技术、导航技术 7）四川航天工业总公司 航天科技集团第七研究院航天科工集团实行事业部体制，下设四个事业部和六个研究院，在六个研究院中，有四个研究院与四个事业部是一体的，还有两个研究院没有编入事业部体制1）中国航天科工信息技术研究院航天科工集团第一事业部（航天科工一院） 宇航与信息技术 2）中国航天科工防御技术研究院航天科工集团第二事业部（航天科工二院） 防空、防天技术 3）中国航天科工飞航技术研究院 航天科工集团第三事业部(航天科工三院) 飞航导弹技术 4）中国航天科工运载技术研究院航天科工集团第四事业部（航天科工四院）运载技术与特种地面车辆 5）航天固体火箭发动机技术研究院 航天科工集团六院 固体火箭发动机技术 6）中国航天建筑设计研究院 航天科工集团七院 北京 建筑设计
补充：1）航天科技集团和科工集团在研究院编号上已经有了重复，科工集团一院的说法还很少出现，所以现在提到一院基本上都是CALT（china academy of launch vehicletechnology）2）科技集团没有二院和三院，而科工集团的二、三事业部（二、三院）是以原来的二院、三院为主组建的，所以提到二院、三院，基本上还是原来的二院和三院。3）原航天总公司四院是从事固体发动机研制的，总部在陕西，有一个大的科研基地在内蒙，就是四院驻内蒙指挥部，又叫河西公司；99年分家的时候，四院给了科技集团，但河西公司属于科工集团，科工集团将河西公司重命名为六院，这样从事固体发动机研制的就有了两家，科技集团四院和科工集团六院，代表产品分别是载人航天逃逸发动机和EPKM。4）科技集团将067基地改名为航天科技集团六院，067基地在中国航天史上功不可没，其液体发动机是长征火箭的动力之源。这样六院也有了两个，需要注意区分。5）科技集团共有130多个企事业单位分布在全国各地，有职工9.33万人，其中专业技术人员4.2万人，包括6800多名高级工程师，1200多名研究员，31名中国科学院和中国工程院院士。科工集团共计180多个企事业成员单位，近l0万名职工中，各类专业技术人员占40%。
